被浩瀚大海所包围的奄美大岛，少年界人和少女杏子各自经历着人生的波动时刻。月圆之夜，界人目睹了背部有纹身的男子漂在海中死前的一刻，心灵备受触动。他对母亲和男人们纠缠不清的行径感到反感，于是决定去东京看望父亲。...

少女希达戴着有魔力的项链从空中落下，被机械工巴鲁搭救。海盗朵拉和特务为了项链一路追踪。最终希达和巴鲁被特务抓捕。特务长慕斯卡要挟希达说出了天空之城的位置，而逃出的巴鲁为了救出希达和朵拉联手，一路追赶过去…...